嘉南藥理大學藥學系系學會爲一獨立性、活動性、學術性的學生自治組織。隸屬於本校學生會社團部。本會成立以和諧團結之互動方式推動學生研究風氣、資訊交流以及情感交流爲宗旨，同時致力於學術専業能力養成、公共衛生參與、關注藥學教育、藥學生多元化能力培訓以及跨組織交流與聯繫等主軸。

本會爲中華民國藥學生聯合會（PSA-Taiwan）之成員學校，並積極參與由 PSA-Taiwan 主辦之各項活動，除了能拓展本校學生的見識外，亦能提昇未來身為藥師專業角色的扮演與定位。

持續不斷的進步是嘉南藥理大學藥學系系學會的發展遠景及價值觀，醫療水平的進步也與環境永續、人文精神和服務熱誠密切結合，期許透過本會工作團隊的努力以及與其他專業組織單位的合作並結合聯合國永續發展目標（Sustainable Development Goals, SDGs），攜手打造更高水準的醫療環境、建構服務人民的專業醫療網以及提升藥學生的社會參與且善盡醫療人員之社會責任。目前與本會持續交流或合作的組織包含有中華民國藥學生聯合會、國立成功大學藥學系系學會及大甲國小等，期許在共同合作及努力下能一同砌起藥學願景，醞釀學生專業訓練並培養正向特質，以擢升未來藥師素質與形象。

本會最高決策機構爲會員大會，下轄行政及監察兩大單位。行政單位以會長爲首，依照工作性質細分爲七大部門，分別為秘書部、財務部、藥事服務部、學術事務部、活動部、公共關係部、器材部。

除了系學會自行擧辦的活動外，本會也持續擔任本校學生與其他組織的溝通橋梁，如每年皆會由幹部擔任賽領率隊參與全國藥學系之運動盃賽，協助學生報名世界藥學生年會（World Congress）、亞太藥學生年會 （Asia Pacific Pharmaceutical Symposium）以及台灣藥學生年會。

除了各項藥學生年會，本會也於每年暑期協助接待來自亞太及歐美等各國的藥學實習生，提供本系學生國際交流之機會。